O Eixo curricular de formação fundamental contempla os conteúdos de formação básica que caracterizam o curso de teologia. Como essência da formação teológica, esse eixo visa fornecer os referenciais históricos e epistemológicos para a compreensão do que é a teologia cristã, distinguindo-a do fenômeno religioso universal e de outras teologias, sem contudo perder o diálogo com as mesmas. Para isso considera o conjunto de conhecimentos que caracterizam a identidade do conhecimento especificamente teológico. As disciplinas deste eixo capacitam o estudante a perceber o proprium da teologia cristã, bem como a refletir e dialogar com outras teologias e correntes religiosas. São contempladas aqui todas as disciplinas do curso que sintetizam o conhecimento tipicamente teológico, bem como as que tratam das dimensões inerentes à confessionalidade cristã, com ênfase para a de característica protestante. Esse eixo garante a compreensão dos contextos culturais e históricos e é o principal dos eixos do currículo teológico, quanto à concentração de disciplinas.
Ele abarca disciplinas da área bíblica, histórico sistemática e teológico prática, que se relacionam com as narrativas e textos sagrados, que são considerados fontes da Teologia. As fontes da Teologia apontam para a centralidade da questão da história para o curso, tanto no que tange à história passada e os contextos culturais e históricos dos próprios textos do AT e do NT, incluindo sua recepção nas diversas etapas da história da igreja, da teologia e da filosofia, quanto no que diz respeito ao contexto moderno, para dentro do qual os textos bíblicos são interpretados. Esse eixo inclui também uma série de cortes históricos longitudinais, que tratam da história de determinadas disciplinas da teologia. O eixo curricular de formação fundamental possibilita também a leitura e a interpretação dos textos que constituem o saber específico da teologia e o domínio de procedimentos da hermenêutica.
O curso de bacharelado em teologia da FLT não se limita a uma leitura de textos secundários, mas o labor teológico é realizado no exercício do domínio dos princípios hermenêuticos de interpretação de textos primários, sempre a partir das línguas originais, no caso, a grega e a hebraica. O conhecimento do hebraico e do grego, representados neste eixo, aliados ao conhecimento do vernáculo, constitui a formação técnica que fundamenta o currículo e tem a finalidade de proporcionar a competência de leitura do texto bíblico no contexto atual. Inclusive o estudo intensivo das línguas originais dos textos bíblicos é um dos diferenciais do currículo. Em todas essas disciplinas são usados os princípios linguísticos e históricos que a tradição da teologia protestante construiu, tendo inclusive colocado as bases para a historiografia moderna, bem como para a ciência da linguagem, que é amplamente utilizada pela academia nas ciências humanas e nas ciências jurídicas, por exemplo. Nesse eixo do curso de teologia são abordados princípios hermenêuticos antigos e modernos, sendo que esses princípios hermenêuticos gerais têm sua aplicação nas hermenêuticas do AT e do NT.

O eixo curricular de formação teórico-prática estabelece os conteúdos de domínios conexos que, a partir do perfil e das competências de egresso definidos pela FLT, têm a função de ampliar e conceder a formação e as condições necessárias para a aquisição de habilidades imprescindíveis para o desempenho de seu papel diante da comunidade religiosa e da sociedade. Basicamente esse eixo contempla disciplinas da área teológico prática, que tratam do exercício prático do ministério cristão, o estágio, ações comunitárias e diaconais. Esse eixo considera as diversas frentes de atuação do teólogo na esfera eclesial e civil, em entidades diaconais, em ONGs, ou mesmo no setor público.
Inicialmente, a ênfase recai sobre a capacitação teórico-prática das atividades inerentes à ampla e complexa atuação que o egresso prestará no âmbito eclesial, mas sempre com interações com diversos setores da sociedade civil organizada.
Fazem parte das disciplinas desse eixo: a qualificação à prática contextualizada da missão e da evangelização; a capacitação para atividades de pregação e de ensino em todos os níveis, incluindo as dimensões didáticas e catequéticas; a habilitação para a ministração de cultos com suas múltiplas formas e liturgias; a ministração dos ofícios eclesiásticos de acordo com as diversas normas previstas pela legislação eclesiástica – nesse caso, em especial a protestante luterana; a edificação de comunidades eclesiais em seus diversos trabalhos com todos os públicos, perfis e faixas etárias, incluindo uma visão dos diversos modelos de edificação em sua aplicabilidade aos diversos cenários socioculturais; a qualificação para a atuação no amplo setor da diaconia cristã em sua interação com os vários setores da sociedade civil envolvidos; o treinamento e a capacitação para as atividades de administração e gestão, seja de comunidades eclesiais ou instituições diaconais ou mesmo ONGs; a qualificação para o exercício prático do aconselhamento a pessoas, em especial em situações de crise; a instrução para atividades e práticas comunitárias diversas, no âmbito eclesial, bem como no setor civil, público e privado.
Dessa forma, as disciplinas desse eixo visam instrumentalizar, capacitar e qualificar para a prática das diversas atividades práticas exercidas pelo teólogo nos mais variados campos de sua atuação, inserindo-os nos aspectos metodológicos e práticos inerentes a essas atividades.

O eixo interdisciplinar constitui um referencial teórico-prático indispensável para a formação do teólogo. Ao estabelecer os elos entre as diferentes ciências e áreas de conhecimento que compõem o currículo do curso, as disciplinas que o constituem têm como objetivo promover um diálogo permanente entre o pensar e o fazer, bem como, desenvolver a autonomia, o pensamento interrogativo, solucionador e criativo, enfocando as dimensões culturais e religiosas indispensáveis ao teólogo, diante das questões e desafios da atualidade.
Na presente matriz curricular esse eixo estabelece diálogo com áreas de interface mais próximas, como a cultura geral e de formação ética e humanística, como a psicologia, a antropologia, a sociologia, as ciências da comunicação e outras áreas científicas.
Trata-se, em especial, das ciências que fundamentam a área do conhecimento relativo às ciências humanas, ciências sociais, possibilitando uma introdução aos aspectos básicos dessas ciências, bem como o diálogo destas ciências com a teologia, a formação de um pensamento plural e uma formação acadêmica interdisciplinar, que resgata a ética e a estética, fundamentais à formação do teólogo da atualidade.
Esse eixo tem como foco a ética e as questões da sociedade contemporânea, levando em conta os temas dos direitos humanos, educação étnico-racial, educação indígena, educação ambiental e sustentabilidade. Nesse eixo contemplam-se análises sociológicas, econômicas e políticas e seus efeitos nas relações institucionais e internacionais, em especial as relativas à comunidade cristã e sua inserção, atuação e prestação de serviço religioso e social no cenário sociopolítico de um país. O diálogo inter e transdisciplinar com a filosofia de diversas épocas, bem como com as ciências históricas, humanas e sociais, inerente à tradição teológica, ocorre no âmbito de várias disciplinas dessa área. Além disso, nelas a teologia discute com as ciências da vida e da saúde temas que dizem respeito às decisões e aos conflitos morais a partir da bioética. Por fim, nas disciplinas de Filosofia da Ciência, de Filosofia, e na disciplina de Hermenêutica, as questões filosóficas são abordadas a partir de conceitos fundamentais, que não se restringem ao âmbito da teologia. Essas disciplinas viabilizam o conhecimento e a abordagem de textos filosóficos centrais da Antiguidade e da atualidade, em sua influência sobre a história da igreja, da teologia e da filosofia e sobre outras áreas do saber.
O impacto da interdisciplinaridade na teologia perceptível na matriz curricular da FLT pode ser exemplificado da seguinte maneira: A tarefa do aconselhamento pastoral a pessoas coloca a teologia em diálogo crítico com a psicologia, considerando ainda aspectos da medicina. A missiologia e diaconia cristãs colocam a teologia em diálogo crítico com as ciências do serviço social e da sociologia. A edificação e a administração de comunidades cristãs colocam a teologia em diálogo crítico com as ciências voltadas à gestão. Nesse contexto, a tarefa da comunicação do evangelho coloca a teologia em diálogo crítico com as ciências da comunicação.

Segundo o Parecer CNE/CES 60/2014, o eixo de formação complementar tem como objetivo possibilitar ao estudante reconhecer e testar habilidades, conhecimentos e competências, inclusive fora do ambiente acadêmico, incluindo a prática de estudos e atividades independentes, transversais, opcionais, de interdisciplinaridade, especialmente nas ações de extensão junto à comunidade. Tais atividades, como a participação em seminários extracurriculares, estágios, palestras, conferências, grupos de pesquisa e eventos de caráter inter-religioso de promoção da cidadania e de respeito aos direitos humanos, estão previstas para ocorrer mediante acompanhamento, orientação e avaliação de docentes do curso segundo critérios constantes nos respectivos regulamentos que a FLT desenvolveu para essas atividades.
Essas atividades complementares tem a finalidade de enriquecer o processo de ensino-aprendizagem, privilegiando a complementação da formação social e profissional. O que caracteriza este conjunto de atividades é a flexibilidade de carga horária semanal, com controle do tempo total de dedicação do estudante durante o semestre ou ano letivo, de acordo com o Parecer do CNE/CES nº 492/2001.
São exemplos de atividades complementares oferecidas pela FLT: participação em eventos internos e externos à Instituição de Ensino Superior, jornadas acadêmicas, jornadas esportivas, simpósios, congressos, seminários, palestras, conferências, atividades culturais, viagens de prática comunitária, integralização de cursos de extensão e/ou atualização acadêmica e profissional, atividades de iniciação científica e monitoria.