A FLT possui uma política clara e definida de carreiras, cargos e salários tanto para o corpo docente quanto para o setor técnico-acadêmico e administrativo, definida no assim-chamado Plano de Carreiras, Cargos e Salários da FLT, que define, regulamenta e disciplina as condições de fiação de cargos e de remuneração para a admissão e progressão dos docentes e demais colaboradores da instituição.
A gestão de todos os assuntos ligados a carreiras, cargos e salários é feita com base no referido Regulamento e é feita pelo Comitê Gestor do Plano de Carreira, Cargos e Salários da FLT, composto pelos seguintes membros (atual mandato):

I – Diretor Geral – Prof. Dr. Roger Marcel Wanke
II – Vice-Diretor Geral – Prof. Dr. Vítor Hugo Schell
III – Diretor de Ensino, Pesquisa e Extensão – Prof. Dr. Roger M. Wanke [função acumulada]
IV – Diretor Administrativo-Financeiro – Prof. Dr. Claus Schwambach
V – Tesoureiro do Conselho Curador da FLT – Johannes Pfeiffer
VI – Tesoureiro do Conselho de Administração da União Cristã – Thomas Kirsten

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Plano de Carreiras, Cargos e Salários – Docente
Plano de Carreiras, Cargos e Salários – Técnico-Administrativo