Os resultados do ENADE, aliados às respostas do Questionário do Estudante, constituem-se insumos fundamentais para o cálculo dos indicadores de qualidade da educação superior: Conceito ENADE, Conceito Preliminar de Curso (CPC) e Índice Geral de Cursos Avaliados da Instituição (IGC), todos normatizados pela Portaria Normativa nº 19, de 2017. Esses indicadores mensuram a qualidade dos cursos e das instituições do país, sendo utilizados tanto para o desenvolvimento de políticas públicas para a educação superior quanto como fonte de consultas pela sociedade.

O curso de bacharelado em teologia da FLT consta entre as melhores do Brasil, motivo de gratidão pelo desempenho de toda a comunidade acadêmica. Dentro de conceitos que variam de 1 a 5, sendo 5 a nota máxima e 1 a nota mínima, a FLT recebeu os seguintes conceitos no último ciclo avaliativo, em 2022:

• Conceito ENADE: Conceito 4;
• Indicador de Diferença entre os Desempenhos Observado e Esperado (IDD):  Conceito 4;
• Conceito Preliminar de Curso (CPC):  Conceito 4;
• Índice Geral de Cursos (IGC):  Conceito 4.